Muslinger er særkønnede, hvilket vil sige, at de enten er hanner eller hunner, og der er ca. lige mange af hvert køn i en bestand. Kønnet på en musling kan ikke bestemmes ud fra skallen, men for blåmuslinger er det sådan, at hunnerne generelt har orangerødt kød, mens hannerne som regel har cremefarvet kød, men ingen regler uden undtagelse.
Muslinger bliver kønsmodne omkring 1-2 års alderen, hvor de begynder at danne kønsvæv (gonader), hvor der enten produceres sæd eller æg alt efter køn. Gonaderne udvikles typisk i løbet af vinteren, så æg og sæd er klar til at blive gydt i løbet af foråret og sommeren.
En lille hun gyder omkring 5 millioner æg hvert år, mens en stor hun kan gyde helt op til 12 millioner æg. Under gydningen frigives æg eller sæd fra gonaderne og føres videre ud i vandet via den glatte sifon.
Tidspunktet for gydningen afgøres af forskellige faktorer som vandets temperatur, fødetilgængelighed og muslingernes alder. Den første gydning sker typisk i slutningen af maj - begyndelsen af juni, og er ofte den største gydning. Hen over sommeren og frem til november forekommer der flere mindre gydninger. Efter gydning begynder muslingerne at opbygge gonadevæv, og hvis der er gode fødeforhold og tilpas høj vandtemperatur, kan den samme musling foretage flere gydninger i løbet af sommeren.
Når muslingerne gyder, udsendes signalstoffer, så muslingerne i nærheden også gyder. Herved sikres det, at der både er æg og sæd tilstede i vandet på samme tid, så æggene kan blive befrugtet. Befrugtningen sker i vandet, og efter ganske få timer har æggene udviklet sig til 0,2 mm små muslingelarver, kaldet trochophor-larver. Muslingelarverne svømmer ved hjælp af en krans af cilier og et enkelt længere hår, der kaldes en flagel. I løbet af 1-2 dage ændrer larverne form, og de kommer til at ligne et stort D (D-veliger), og det er i dette stadie, at den første skal bliver dannet.
Indtil muslingelarverne har dannet deres første skal, lever de af næringen fra ægget, men efter skal-dannelsen begynder de at tage føde til sig i form af planteplankton. Fødeindtagelsen foregår næsten som hos de voksne muslinger, dog suger de ikke vandet ind og ud af sifonerne, men har i stedet en veludviklet kappe af cilier (kaldet et velum eller svømmesejl), som de bruger til at fange føden med.
Som navnet antyder, bruger muslingelarverne ikke kun cilierne (svømmesejlet) til at indfange føde, men også til at svømme med. Når larverne er 2-4 uger gamle og er blevet 0,25-0,3 mm store, begynder de at forberede sig på at bundslå og kaldes pedi-veliger. Larverne mister svømmesejlet, og foden er nu færdigudviklet, og den bruges til at krybe rundt og afsøge underlaget samt til at producere byssustråde til fasthæftning.
Af de millioner af æg, der bliver gydt hvert år, er det kun en lille andel, der opnår at blive voksne, da der undervejs lurer mange farer. Det er ikke alle æg, der udvikler sig til larver, da mange æg går til grunde, fordi de ikke bliver befrugtet. Af larverne, er der også en del, der går til grunde, inden de bliver voksne, da de enten bliver spist af fisk eller ikke får føde nok.